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在出生时，婴儿的肠道没有，但是在出生后很快便在肠内定居。初几天的肠道微生物群的组成主要由分娩方式决定。除了这些以外，出生时的环境，早产，卫生措施和婴儿喂养的类型也有助于婴儿肠道微生物群落的组成。
配方喂养的婴儿与母乳喂养的婴儿
比较配方奶喂养和母乳喂养的婴儿，配方奶喂养婴儿的肠道培养大多包括大肠杆菌如大肠杆菌，艰难梭菌，类菌体，和乳酸杆菌的。因此，配方喂养的婴儿比母乳喂养的婴儿具有更复杂的肠道微生物群落。在母乳喂养的婴儿中，双歧杆菌贡献了80-90％的微生物群落。

所有活性细胞中约80％位于肠相关淋巴组织（GALT）中。这意味着肠道中的微生物对于促进GALT的学发展至关重要。有研究表明粘膜系统依赖于肠道。由于新出生的婴儿不显示不完善和稀疏的粘膜系统，所以它解释了微生物在婴儿肠道中的传播对于发展适当的粘膜系统至关重要。此外微生物定居所产生的另一种功能是通过诱导T型辅助2型和辅助型1型比例的调节来降低反应性的可能性，例如过敏的能力
安全性
据，食品供应中使用的大多数乳酸生产菌（LAB）菌株是非致病性和性的，它们已经被并入食品多年，并被普遍接受为传统的食品级生物。已经对超过4000名消费含有微生物成分食物的儿童和婴儿进行了70多项临床研究，以调查潜在的益生菌副作用。没有显示任何不利影响。专注于长期摄入益生菌补充配方奶粉的研究也显示没有毒副作用和耐受性良好。根据2002年粮农组织和世界卫生组织共同出版的“食品中益生菌评估指南”，“系统与益生菌消费之间的相关性记录很少，都发生在具有潜在医疗条件的患者中”。罕见有消费益生菌而导致菌血症，病和脓毒症，个别有上述情况的儿童都有系统严重恶化。2013年系统评估发现乳酸杆菌摄入没有不利影响。